Οι πόροι του Ταμείου είναι:

• Ποσοστό από τις χρηματοδοτήσεις τις οποίες διαχειρίζεται και το οποίο προσδιορίζεται με απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών, Αποκέντρωσης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας.
• Έσοδα από την επιβολή τελών, δικαιωμάτων και εισφορών.
• Έσοδα από τη συμμετοχή σε προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
• Έσοδα από τη σύναψη δανείων.
• Έσοδα από την παροχή υπηρεσιών, την εκτέλεση εργασιών και τη διεξαγωγή ερευνών και την εκπόνηση μελετών και προγραμμάτων.
• Έσοδα από κάθε είδους επιχορηγήσεις.
• Έσοδα από δωρεές, κληροδοτήματα, κληρονομιές.
• Έσοδα από την περιουσία του Ταμείου.
• Έσοδα από κάθε άλλη πηγή.

Η οικονομική διαχείριση του Ταμείου γίνεται με το δικό του προϋπολογισμό εσόδων και εξόδων. Το οικονομικό έτος συμπίπτει με το ημερολογιακό. Το Ταμείο έχει τη δική του ταμειακή υπηρεσία και διατάκτης των δαπανών του είναι ο πρόεδρος, αναπληρούμενος από το νόμιμο αναπληρωτή του.

Σε όσους κάνουν χρήση σημαντικών έργων τα οποία εκτελούνται με δαπάνες του Ταμείου ή υπηρεσιών οι οποίες παρέχονται με μέριμνα και δαπάνες του Ταμείου, το Ταμείο δικαιούται να επιβάλει τέλη ή δικαιώματα τα οποία ορίζονται με απόφαση του διοικητικού του συμβουλίου.

Οι πόροι από κάθε πηγή του Ταμείου, καθώς και οι μεταβιβαζόμενες κάθε φορά πιστώσεις προς διαχείριση στο πλαίσιο υλοποίησης των σκοπών και αρμοδιοτήτων του Ταμείου, κατατίθενται έντοκα σε λογαριασμούς που ορίζει το Διοικητικό του Συμβούλιο στην Τράπεζα της Ελλάδος ή στο Ταμείο Παρακαταθηκών και Δανείων ή σε άλλη τράπεζα. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών, Αποκέντρωσης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας, καθορίζεται η χρήση των εσόδων από τους τόκους.

Κατά τη διαχείριση συγχρηματοδοτούμενων έργων λαμβάνεται υπόψη και το ειδικότερο πλαίσιο διαχείρισης των αντίστοιχων έργων.